2004 წლიდან – გაერთიანებულია საჯარო სამართლის იურიდიულ პირში (სსიპ) — საქართველოს ეროვნული მუზეუმი, რომელიც საქართველოს კულტურისა და ძეგლთა დაცვის სამინისტროს მართვის ქვეშ იმყოფება.